Nadszedł czas aktualizacji centos 7 zatem wykonałem:

yum clean all

yum update

i wtedy dostałem komunikat:

OSError: [Errno 5] Błąd wejścia/wyjścia: ‚/var/lib/yum/yumdb/r/0f999c27c87ed0397c11d957ace5a6123c437b71-rubygem-fluent-plugin-rewrite-tag-filter-1.5.5-5.el7-noarch/from_repo’

Wystarczyło wykasować katalog: /var/lib/yum/yumdb